César Nombela è stato un microbiologo spagnolo nato a Carriches, Toledo, che ha studiato Farmacia e Scienze Chimiche all'Università Complutense di Madrid e ha conseguito il dottorato di ricerca all'Università di Salamanca nel 1972. In seguito, è stato ricercatore post-dottorato con il premio Nobel spagnolo Severo Ochoa alla New York University e poi al Roche Institute for Molecular Biology nel New Jersey. Tornato in Spagna, ha lavorato come ricercatore presso l'Istituto di Microbiologia Biochimica del CSIC di Salamanca e nel 1981 ha ottenuto la cattedra di Microbiologia presso la Facoltà di Farmacia dell'Università Complutense di Madrid.
La sua ricerca in microbiologia molecolare si è concentrata su microrganismi modello come i lieviti. Ha studiato la biogenesi della parete cellulare, la trasduzione del segnale nella cellula, i fattori di virulenza microbica e le applicazioni per la produzione di proteine ricombinanti. È stato tra i primi ad applicare le tecnologie genomiche e proteomiche in Spagna, dirigendo la prima cattedra straordinaria di Genomica e Proteomica in un'università spagnola. Ha creato e diretto il Centro di sequenziamento automatico del DNA presso l'Università Complutense di Madrid.
È stato autore di oltre 180 lavori di ricerca originali e supervisore di più di 30 tesi di dottorato, oltre che di numerosi articoli destinati alla divulgazione e al dibattito pubblico sui giornali, in settori quali la bioetica e la politica universitaria e scientifica.
Per quanto riguarda le cariche ricoperte, oltre a quelle sopra citate, è stato presidente della Società spagnola di microbiologia e della Federazione europea delle società di microbiologia. È stato anche presidente del CSIC e rettore dell'Università Menéndez Pelayo.
Si è sempre occupato di bioetica, essendo membro del Comitato internazionale di bioetica dell'UNESCO e del primo Comitato di bioetica in Spagna, nonché presidente del Comitato consultivo di etica per la ricerca scientifica e tecnologica in Spagna.
Si definiva "scienziato cristiano" e ha sempre esemplificato nella sua vita la compatibilità e l'armonia di questi due aspetti della vita. Fu membro della Società degli scienziati cattolici e della sua sezione spagnola, la Sociedad Española de Científicos Católicos.